Управление Учреждением осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности в соответствии с. ч.2. ст. 26 Федерального закона РФ от 29.12.2012 № 273 – ФЗ «Об образовании в РФ».
Единоличным исполнительным органом МБОУ "Алейниковская ООШ" является директор, который осуществляет текущее руководство деятельностью школы.
Коллегиальными органами управления Учреждением являются: управляющий совет и педагогический совет, а также в Учреждении функционирует родительское собрание, общее собрание членов трудового коллектива МБОУ "Алейниковская ООШ".
Структура, порядок формирования, срок полномочий и компетенция органов управления школой, порядок принятия ими решений и выступления от имени школы устанавливаются уставом.
В Учреждении действует совет старшеклассников, созданный с целью реализации права обучающихся на участие в управлении Учреждением, способствующий приобретению обучающимися знаний, умений и опыта организационной и управленческой деятельности, а также с целью учета мнения обучающихся при принятии Учреждением локальных нормативных актов, затрагивающих их права и законные интересы.